袁世凯对义和团的镇压只代表清廷内部一部分人的主张，并不能从根本上改变先前清廷对义和团以安抚为主、以剿灭为辅的既定政策。1月6日，窦纳乐前往天津，希望与直隶总督裕禄直接会晤，以促使地方官员认真履行光绪皇帝在上谕中的承诺。裕禄在8日与窦纳乐的会见中明白告诉窦氏，他完全了解局势的严重性，但是处理义和团的困难在于，这些所谓的义和团是由小股农民组成的，每股大约二三十人不等。当军队逼近他们的时候，各股便分散开来，农民们重操平时的职业。在过去的十天中，当场捕获了两股，并且已从严处理，杀死了一批人，其中包括两个首领。窦纳乐对直隶总督的努力表示赞赏，但他也向直隶总督指出，并非杀死少数受骗的农民就会制止这些“横暴的可耻的行动”，而是要严惩地方官，他们是真正应当承担罪责的人。
窦纳乐的提示其实也是清政府的既定政策，包括裕禄、袁世凯在内的一线官员并不以捕杀一般农民为满足，他们当然知道“惩办匪首，以清祸源，实为扼要办法”，期待将“匪首”缉拿归案，“以期早日安静”。无奈，直隶、山东的情形根本不容乐观，且有越来越糟之势。1月9日，窦纳乐收到英国国教会驻泰安主教伯夏里转来的电报，称“前景极为黯淡；每日发生抢劫；危险持续不断；查禁的谕旨已发布；军队已到，但无用处；泰安府地方官员毫无作为；朝廷密令予以鼓励”。这份电报引起了窦纳乐的高度关切，于是他在1月11日会见总理衙门大臣时，以最严重警告的词句告诉总理衙门大臣，虽然他不能相信关于朝廷确有密令的谣言是可能的，可是仅就这些谣言的流传这件事，便说明了地方政府的行为给予公众的印象。窦纳乐对山东地方官员的行为表示强烈的抗议，他认为目前所有的困难都能够追溯到前任巡抚毓贤的态度上，正是毓贤暗中鼓励了以“义和拳”著称的会匪。窦纳乐反复向总理衙门的大臣们指出，在清政府下决心处理此类案件中的高级官员之前，这些暴行是不会停止的。