刘因认为，“道”无时无处不在，一个人如果他的志向在于为善为君子，这个志向就能达到；如果是为了追逐一己之私利，这个志向就不一定能达到。一个人德性的高低，不在于其官爵的大小，而在于本身的道德修养。这个意见是对的。在谈及道与物的关系时，刘因认为“道”最根本，道并非“出于物”，也即不本于物，因此也就不为物所制，道是在万物之上的一种抽象的绝对本体。这个观点又是唯心主义的。刘因还认为，人对外界现象的认识不真实，不可靠，应当放弃对客观世界的认识，只要回到精神世界自我求索，就可与天道合一，成为圣贤。这样，天即我，我即天，圣即我，我即圣。这个认识也是不可取的。刘因的理学思想中吸收了老、庄和佛教的东西，但是他的思想体系又是为封建统治阶级服务的。因此，他的理学能成为后期封建制度的思想支柱，绝不是偶然的。
刘因的经学思想也值得探讨。他认为人生下来时“材无不全”，这个“材”是指完善的性，之所以“不全”，是受了“异端”的迷惑，怎样补救呢？只有读书，才可以恢复其“全材善性”。读哪些书呢？当然是先读六经、《论语》《孟子》，然后是史书与诸子之书。所谓六经，是指《诗》《书》《易》《礼》《乐》《春秋》，其中《乐经》早已亡佚，实际只剩下了五经。这五经被视为治世的典则，于是注解蜂起，凡解经者称注，凡解注者称疏，注疏有官定的，也有私撰的，多至百家。这些注疏多为训诂性质，很少阐发思想。到了唐末宋初，始有人依经解说，大讲天道心性，这就是义理之学，也就是理学。刘因批评近世学者往往舍去传注、疏释，便直接去读宋儒的议论，这是不妥当的。他主张读书必先读传注而后去读疏释，然后再去读议论，以此强调汉、唐传注和疏释的重要，而宋儒则主张摒弃汉唐训诂，刘因与他们是有区别的。刘因之所以要强调汉、唐训诂，是因为训诂虽然繁琐，使人生厌，但训诂是仅就六经而发的，没有穿凿附会的成分，因而不失六经的本意，是可信的。刘因生活于宋、元鼎革之际，感到理学虽然是一项大学问，但不能挽救宋朝的灭亡，于是转而去求之于过去的圣贤经传，这种时代局限决定了刘因重视汉、唐训诂，他不可能提出更新的思想。