展览会之前，丰田英二正式将丰田商标改为“TOYOTA”。成立了丰田汽车工业总公司，丰田英二担任“监察改良部”主任。这个部其实仅他一个人，负责彻底检查被顾客退回的车辆，找出毛病，并且提出治“病”的办法。
就在这一年7月，卢沟桥事变爆发，日本当局为了侵略战争，征召适龄青年入伍，丰田英二被征兵进了军队。但幸运的是很快他就退伍了，原因是军队不征召有技术的军需产业人员。
1945年5月，丰田公司高级职员赤井推荐丰田英二担任公司执行董事。丰田英二成为公司的主要决策人之一。
这时候，美军在广岛扔下了一颗原子弹，同时轰炸东京等地。有几次美军飞机低空从工厂上空掠过，机关枪嘎嘎嘎地扫射。丰田英二和加藤正好有事外出，回到办公室时，只见两张椅子已被炸得稀烂！战后他才知道，他们的工厂在美军的地图上，标的是“丰田汽车工厂”，正在轰炸的目标之列。
日本宣布投降后，丰田汽车生产量和战争结束前差不多。并不是卖不出去，主要是由于缺乏原材料。当时日本很缺乏运输工具，车子只要制造得出来，就一定卖得出去。可惜想买的人没有钱，就算将车子卖出去，货款也不能正常回笼，所以又不敢卖。丰田公司的许多技术骨干，在战时被征召入伍，有的死有的残，各种原因造成公司濒临倒闭。公司为了生存，甚至在占领日本的美军军营旁，开设食品店和洗衣店，以养活员工，维持生计。