经济上结伙贪污，政治上很难秉公从事。九卿会推官员，亦不能至公至正，或草率苟且，或立议争胜，极力推荐自己意中人、亲朋、同乡、门生。官员间往往结成党援，互相包庇，徇私舞弊。康熙皇帝对督抚与部院堂官营求结纳，分立门户，处理政事不讲原则的弊端深恶痛绝。山西巡抚穆尔赛，贪酷已极，秽迹显著。当康熙皇帝向大学士、九卿等问其居官善否时，满大学士勒德洪等竟不据实陈奏，企图包庇。康熙二十四年(1685)二月，将勒德洪等各降二级，将满九卿科尔坤等各降三级，将穆尔赛拟以绞监候，秋后处决。康熙皇帝发现，“河工诸臣，一有冲决，但思获利，迟至数年，徒费钱粮，河上毫无裨益”,他认为根子在工部。他亲自主持，经数年清查，终于查实工部自尚书、侍郎以至分司官员，是一个大贪污集团。于是分别予以惩处。
康熙四十二年(1703)正月，康熙皇帝第四次南巡时，途经济南，出观趵突泉，书匾额“源清流洁”四字。此时，他的这一吏治指导思想完全成熟。
康熙皇帝将源清流洁思想用在吏治上，具有普遍意义。任何朝代，严格约束和考察高级官吏都是吏治第一要务。因为，他们身居要职，廉贪贤劣事关重大，首先，直接影响下级官吏。或者带出一批清廉贤能者；或养成一群庸劣无才、贪赃枉法之徒。其次，也关系甚至左右重大朝政，包括财政、人事、决策、立法等能否按正确轨道行事。从这个意义上说，康熙皇帝重点考察高级官吏的思想和某些措施，很值得后世借鉴。